Tras el parón que vivió el fútbol español por la guerra civil, el equipo retomó la actividad y en la temporada 1941/42 queda campeón del grupo de la Primera Regional de la Federación Astur-Montañesa. Supone una estabilidad deportiva del fútbol en Burgos ante la poca duración que tuvieron los anteriores clubes que trataron de surgir en la ciudad. En la temporada 1943/44, el club hizo su debut en la Tercera División quedando en una meritoria tercera plaza de uno de los tres grupos que se crearon en la categoría por aquel entonces.
